I museets udstilling findes tusindvis af spændende genstande, malerier og fotos - ja hele kahytter. Alt sammen medvirker det til at fortælle historien om dansk søfart fra renæssancen til i dag. Museets særudstillinger belyser løbende det mange forskellige aspekter af livet til søs. Endelig byder Kronborgs kanontårn på en fascinerende udsigt over Helsingør og Øresund.

Udover udstillingen rummer museet også arkiver med tegninger, tekster billeder, en omfattende fotosamling samt et bibliotek med ca. 20.000 bind. Museets moderne magasin indeholder ligeledes mange tusinde genstande og malerier. Der er offentlig adgang til biblioteket og billedarkivet, der begge ligger lige inden for Kronborgs volde til højre for Kronværksporten.